根本的な解決ではないです。ワークアラウンドです(；・∀・)
Xcode8（ひょっとしたら7でもよく起こってたかも。忘れた）から、Xcodeで既存のワークスペース（.xcworkspace）を開こうとすると、エラーが出てXcodeごと落ちることがしばしば起こり困っておりました。
何度か再起動したり、別のプロジェクトを開いて作業しているうちに、落ちていたワークスペースも開けるようになったりしてたので目的のプロジェクトを開くのにすごい無駄な時間を使っていたのですが、先日どうやっても、とあるワークスペースが開けなくなりました。
なんとなくビルドの中間ファイルとか、検索結果とか、そういった一時ファイルが壊れていて開けなくなってる感じでしたので、ワークスペース（プロジェクト）のビルドファイルが置かれる場所を探した所、
~/Library/Developer/Xcode/DerivedData/
こちらと判明。
この下に <PROJECT_NAME>-enhhsyckyifnnoblvfuyvftsxwyp といったディレクトリ（後の文字列はたぶんランダム）ができているので、該当のプロジェクト名から始まるディレクトリを削除すれば起動するようになります。
ただ、あの時間のかかる Indexing | Processing files はやり直しですがｗ
やべぇ、ブログ書くのほぼ２年ぶりじゃねぇか...
