最近のコメントリンク、修正できました。MTのバグだったみたいです。
BLOG質問箱リーセントコメント+コメント日付のコメントでMovable Typeシステム自体を修正する方法が紹介されていました。

世の中にはエントリーとコメントを一緒のページに表示しているBlogサイトもあるので、ここもそうしたいのだけれどまだやり方が良く分からない。なので、最近のコメントでリンクになっているのはエントリーだけにしておきます。